Shinji Ikari làm một học sinh tại học viện Foundation NERV và có một cuộc sống bình thường. Cho tới một đêm cậu ta chạm trán Rei Ayanami và Kaworu Nagisa trong một cuộc chiến. Cùng với 2 người và Asuka Sonryuu Langely, đứng lên chiến đấu chống lại Thiên Thần, những kẻ mang hình hài con người nhưng lại mang tới sự hủy diệt cho nhân loại.
Đơn giản mà nói thì đây chỉ một trong nhiều câu truyện của Vũ trụ Eva, với những bản thể khác nhau của các nhân vật.